Nội dung chính của truyện xoay quanh quãng đời lưu lạc sau khi bán mình chuộc cha của Thúy Kiều, nhân vật chính trong truyện, một cô gái "sắc nước hương trời" và có tài "cầm kỳ thi họa".
Theo kịch tính của tác phẩm, có thể chia truyện thành 13 phần nhỏ như sau:
Mở đầu
Nguyễn Du đem thuyết "tài mệnh tương đố" (tài và mệnh ghét nhau) làm luận đề cuốn truyện. Sau đó tác giả nói về gia thế và tả tài sắc hai chị em Vân - Kiều.
Trăm năm trong cõi người ta,
Chữ tài chữ mệnh khéo là ghét nhau
Trải qua một cuộc bể dâu,
Những điều trông thấy mà đau đớn lòng.
Lạ gì bỉ sắc tư phong
Trời xanh quen thói má hồng đánh ghen.
Kiều thăm mộ Đạm Tiên
Vào khoảng thời vua Minh Thánh Tông (1522-1566), trong một gia đình viên ngoại họ Vương có 3 người con, con cả là Vương Thúy Kiều, sau là Thúy Vân và Vương Quan là cậu út. Hai chị em Thúy Kiều và Thúy Vân thì "mỗi người một vẻ, mười phân vẹn mười", nhưng "so bề tài, sắc" thì Thúy Kiều lại hơn hẳn cô em. Trong một lần đi tảo mộ vào tiết Thanh minh, khi đi qua mộ Đạm Tiên, một "nấm đất bên đàng", Kiều đã khóc thương và không khỏi cảm thấy ái ngại cho một "kiếp hồng nhan" "nổi danh tài sắc một thì" mà giờ đây "hương khói vắng tanh". Vốn là một con người giàu tình cảm và tinh tế nên Kiều cũng đã liên cảm tới thân phận của mình và của những người phụ nữ nói chung:
Đau đớn thay phận đàn bà
Lời rằng bạc mệnh cũng là lời chung
Kiều gặp Kim Trọng
Cũng trong ngày hôm đó, Kiều đã gặp Kim Trọng, là một người "vốn nhà trâm anh", "đồng thân" với Vương Quan, từ lâu đã "trộm nhớ thầm yêu" nàng. Bên cạnh đó thì Kim Trọng cũng là người "vào trong phong nhã, ra ngoài hào hoa". Tuy chưa kịp nói với nhau một lời nhưng sau cuộc gặp gỡ này thì hai người "tình trong như đã, mặt ngoài còn e". Tiếp sau lần gặp gỡ ấy là mối tương tư:
Người đâu gặp gỡ làm chi
Trăm năm biết có duyên gì hay không
Kim Trọng vì tương tư Kiều nên đã quên hết cả thú vui hàng ngày, tìm cách chuyển đến ở gần nhà Kiều. Sau đó mấy tuần trăng thì Kim Kiều đã gặp nhau, Kiều đã nhận lời Kim Trọng và họ đã trao đổi kỷ vật cho nhau. Nhiều lần Kim Trọng cũng muốn "vượt rào" nhưng Thúy Kiều là một người sắc sảo, cô đã thuyết phục được Kim Trọng:
Vội chi liễu ép hoa nài,
Còn thân ắt lại đền bồi có khi!
Thấy lời đoan chính dễ nghe,
Chàng càng thêm nể thêm vì mười phân
Kiều bán mình chuộc cha
Tai họa đã đột ngột ập đến Vương gia trong lúc người thiếu nữ còn đang thổn thức với mối tình đầu. Bọn sai nha đầu trâu, mặt ngựa đã đánh đập cha và em nàng một cách tàn nhẫn trong nỗi oan kêu trời không thấu. Trong hoàn cảnh bi đát như vậy, Kiều đành phải đi đến quyết định bán mình để chuộc cha, nhưng nàng không quên lời hẹn ước "trăm năm thề chẳng ôm cầm thuyền ai" với Kim Trọng trước khi chàng về Liêu Dương để thọ tang chú. Thúy Kiều đã nhờ cậy Thúy Vân thay mình trả lời hẹn ước với Kim Trọng:
Cậy em, em có chịu lời
Ngồi lên cho chị lạy rồi sẽ thưa
Trao duyên cho em xong, nàng cảm thấy xót thương cho thân phận của chính mình:
Phận sao phận bạc như vôi
Đã đành nước chảy hoa trôi lỡ làng
Ôi Kim Lang! Hỡi Kim Lang!'
Thôi thôi thiếp đã phụ chàng từ đây
Do đau thương quá nên Thúy Kiều đã ngất đi trên tay người thân.
Kiều rơi vào tay Mã Giám Sinh và Tú bà
Mã Giám Sinh vốn là "một đứa phong tình đã quen" cùng với Tú bà mở hàng "buôn phấn bán hương", chuyên đi mua gái ở các chốn về "lầu xanh". Thấy Thúy Kiều như là một món hàng ngon, nhất quyết mua về, lấy tiếng là làm vợ nhưng sau khi "con ong đã tỏ đường đi lối về", Thúy Kiều đã bị Tú bà bắt phải tiếp khách. Nàng nhất quyết không chịu, tự vẫn bằng dao nhưng không chết. Tú bà đành nhượng bộ cho nàng ra ở lầu Ngưng Bích. Ở nơi này, nỗi nhớ người thân luôn luôn ấp ủ trong lòng:
Xót người tựa cửa hôm mai
Quạt nồng ấp lạnh những ai đó giờ.
Và nỗi buồn của người thiếu nữ được thể hiện qua những câu thơ chất chứa đầy cảm xúc:
Buồn trông cửa bể chiều hôm
Thuyền ai thấp thoáng cánh buồm xa xa
Buồn trông ngọn nước mới sa
Hoa trôi man mác biết là về đâu
Buồn trông nội cỏ dàu dàu
Chân mây mặt đất một màu xanh xanh
Buồn trông gió cuốn mặt duềnh
Ầm ầm tiếng sóng kêu quanh ghế ngồi
Kiều mắc lừa Sở Khanh
Sống một mình giữa không gian mênh mông xa vắng đó nên khi gặp Sở Khanh, một gã có "hình dung chải chuốt, áo khăn dịu dàng" và cũng khá "văn vẻ", cô như người đang sắp chết đuối vớ được cọc mà không còn bình tĩnh nhận ra lời lường gạt sáo rỗng của Sở Khanh.
Than ôi! sắc nước hương trời,
Tiếc cho đâu bỗng lạc loài đến đây?
Kiều vội vàng trao thân cho Sở Khanh và cùng Sở Khanh trốn thoát khỏi lầu Ngưng Bích. Cô nào ngờ mình đã rơi vào lưới do Tú bà giăng sẵn để giữ cô lại vĩnh viễn ở lầu xanh. Chưa kịp cao chạy xa bay thì Tú bà đến và lúc này nàng mới rõ bản chất con người Sở Khanh:
Bạc tình, nổi tiếng lầu xanh,
Một tay chôn biết mấy cành phù dung!
Đến lúc này, nàng đành phải chịu quy phục, mặc cho thể xác "đến phong trần, cũng phong trần như ai" và cảm thấy xót xa cho chính bản thân mình:
Khi tỉnh rượu, lúc tàn canh,
Giật mình, mình lại thương mình xót xa
Kiều gặp Thúc Sinh
Thúc Sinh tuy đã có vợ là Hoạn Thư nhưng cũng là người "mộ tiếng Kiều nhi" từ lâu. Thúc Sinh trong tác phẩm này có lẽ là có diễn biến tình cảm, tâm tư mang tính của con người trong "đời thường" nhất, chứ không cách điệu nhiều như những nhân vật khác trong tác phẩm. Thế giới của Thúc Sinh là thế giới của đam mê và là sứ giả phong lưu của tình dục. Chưa có một "đấng nam nhi" nào trong truyện Kiều có cách nhìn nâng tấm thân đầy nhục dục của Kiều lên tầm thẩm mỹ như Thúc Sinh
Rõ màu trong ngọc trắng ngà!
Dày dày sẵn đúc một tòa thiên nhiên.
Do vậy Kiều đã ham sống và tự tin hơn về tương lai số phận của mình. Hai người vui vẻ bên nhau "ý hợp tâm đầu".
Khi hương sớm khi trà trưa,
Bàn vây điểm nước đường tơ họa đàn.
Thúc Sinh đã chuộc Thúy Kiều ra khỏi lầu xanh, chàng yêu Thúy Kiều bằng một tình yêu chân thực và trân trọng cô, điều này thể hiện tính nhân văn của truyện Kiều. Tuy nhiên, vì là gái lầu xanh Kiều đã không được Thúc Ông (bố của Thúc Sinh) thừa nhận. Thúc Ông đã đưa Kiều lên quan xét xử:
Phong lôi nổi trận bời bời,
Nặng lòng e ấp tính bài phân chia.
Quyết ngay biện bạch một bề,
Dạy cho má phấn lại về lầu xanh!
Kiều quyết tâm dan díu với Thúc Sinh không chịu quay về lầu xanh nên lại thêm một lần khốn khổ:
Dạy rằng: Cứ phép gia hình!
Ba cây chập lại một cành mẫu đơn.
Phận đành chi dám kêu oan,
Đào hoen quẹn má liễu tan tác mày.
Một sân lầm cát đã đầy,
Gương lờ nước thủy mai gầy vóc sương.
May thay vị quan đó tuy tỏ ra nghiêm khắc nhưng cũng có tình người. Thấy Thúc Sinh đau khổ khi thấy Kiều vì mình mà gặp nạn, ông đã cho Kiều làm một bài thơ bày tỏ nỗi niềm. Đọc thơ của Kiều, vị quan khen ngợi rồi khuyên Thúc Ông nên rộng lượng chấp nhận Kiều lại cho đồ sính lễ cưới xin. Nhờ thế Kiều thoát kiếp thanh lâu nhưng chưa được bao lâu thì nàng lại mắc vạ với Hoạn Thư, vợ chính của Thúc Sinh.
Kiều và Hoạn Thư
Khi biết chuyện, cha mẹ Thúc Sinh nổi giận đòi trả Kiều trở về chốn cũ, nhưng khi biết Thúy Kiều tài sắc vẹn toàn, có tài làm thơ, bố của Thúc Sinh đã phải thốt lên:
Thương vì hạnh trọng vì tài
Thúc ông thôi cũng dẹp lời phong ba
Kiều đã ở cùng Thúc Sinh suốt 1 năm ròng và vẫn luôn khuyên Thúc Sinh về thăm vợ cả Hoạn Thư, họ vẫn chưa có con chung sau nhiều năm sống cùng nhau. Sau chuyến đi thăm và quay trở lại gặp Kiều, Thúc Sinh không ngờ rằng Hoạn Thư đã sai gia nhân đi tắt đường biển để bắt Thúy Kiều về tra hỏi. Thúy Kiều bị tưới thuốc mê bắt mang đi, còn mọi người trong nhà lúc đó cứ ngỡ cô bị chết cháy sau trận hỏa hoạn. Kiều trở thành thị tì nhà Hoạn Thư với cái tên là Hoa Nô. Lúc Thúc Sinh về nhà, nhìn thấy Thúy Kiều bị bắt ra chào mình, "phách lạc hồn xiêu", chàng nhận ra rằng mình mắc lừa của vợ cả. Hoạn Thư đã bắt Kiều phải hầu hạ, đánh đàn cho bữa tiệc của hai vợ chồng. Đánh đàn mà tâm trạng của Kiều đau đớn:
Bốn giây như khóc như than
Khiến người trong tiệc cũng tan nát lòng
Cùng trong một tiếng tơ đồng
Người ngoài cười nụ, người trong khóc thầm
Thế rồi, do thấy Kiều khóc nhiều, Hoạn Thư bảo Thúc Sinh tra khảo vì lý do gì. Thúy Kiều viết tờ khai nói rằng vì cha bị oan khiên, phải bán mình và bị lừa vào lầu xanh, sau đó có người chuộc ra làm vợ, rồi chồng đi vắng, nàng bị bắt đưa vào cửa nhà quan... rất tủi nhục, bây giờ chỉ mong được vào chùa tu cho thoát nợ trần. Đọc tờ khai xong, Hoạn Thư đồng ý cho Hoa Nô vào Quan Âm các sau vườn để chép kinh. Thực ra, Hoạn Thư đánh kiều rất nhiều, Nguyễn Du miêu tả về "đòn ghen" của Hoạn Thư là "nhẹ như bấc, nặng như chì". Hoạn Thư đã ứng xử theo thường tình hiện hữu của dân gian, là "chút dạ đàn bà, ghen tuông thì cũng người ta thường tình!", "Chồng chung, chưa dễ ai chiều cho ai". Hoạn Thư khéo léo phá vỡ dây tơ giữa Kiều và Thúc Sinh, làm Kiều ra đi một cách tự nguyện. Kiều trốn khỏi Quan Âm các và đã gặp Sư trưởng Giác Duyên (duyên giác ngộ?). Bà đã cho Kiều sang ở tạm nhà Bạc Bà, một Phật tử thường hay lui tới chùa. "Ai ngờ Bạc Bà cùng với Tú Bà đồng môn", Bạc Bà đã khuyên kiều lấy cháu mình là Bạc Hạnh. Qua tay Bạc Hạnh, một lần nữa Kiều lại bị bán vào lầu xanh.
Kiều gặp Từ Hải
Ở lầu xanh, Kiều "ngậm đắng nuốt cay" sóng cuộc sống ô nhục. Một ngày đẹp trời, có mọt người khách ghé qua chơi, đó là Từ Hải, một hải tặc lừng danh thời đó: "Râu hùm hàm én mày ngài, vai năm tấc rộng, thân mười tấc cao", tài năng phi thường "đường đường một đấng anh hào, côn quyền hơn sức lược thao gồm tài". Hai bên đã phải lòng nhau và Từ Hải chuộc Kiều về chốn lầu riêng. Sống với nhau được nửa năm, Từ Hải lại "động lòng bốn phương", muốn ra nơi biên thuỳ chinh chiến. Thúy Kiều muốn xin đi cùng nhưng Từ Hải không cho đi:
Nàng rằng phận gái chữ tòng
Chàng đi thiếp cũng một lòng xin đi
Từ rằng tâm phúc tương tri
Sao chưa thoát khỏi nữ nhi thường tình
Trong lúc Từ Hải đi chinh chiến, nàng ở nhà nhớ tới bố mẹ chắc đã "da mồi tóc sương", còn em Thúy Vân chắc đang "tay bồng tay mang" vui duyên với Kim Trọng. Từ Hải sau đó đã chiến thắng trở về, mang binh tướng tới đón Kiều làm lễ vu quy
Kiều báo thù
Lúc vui mừng cũng là lúc Thúy Kiều nghĩ đến những ngày "hàn vi", nàng kể hết mọi chuyện cho Từ Hải và muốn có sự "ân đền oán trả". Những Bạc Bà, Bạc Hạnh, Sở Khanh,... đều bị chịu gia hình, còn những vị sư đã giúp đỡ Kiều trong cơn hoạn nạn đều được thưởng. Riêng Hoạn Thư nhờ khéo nói "Rằng tôi chút phận đàn bà. Ghen tuông thì cũng người ta thường tình" nên được tha. Sau đó Kiều có gặp sư Giác Duyên, được bà báo rằng 5 năm nữa hai người sẽ gặp nhau vì Kiều còn phải trải qua nhiều lận đận nữa.
Kiều tự vẫn
Hồ Tôn Hiến bấy giờ là một quan tổng đốc của triều đình, mang nhiệm vụ đến khuyên giải Từ Hải đầu hàng và quy phục triều đình. Hồ Tôn Hiến đã bày mưu mua chuộc Thúy Kiều, đánh vào ham muốn có một cuộc sống "an bình" của phụ nữ, nàng đã thật dạ tin người và xiêu lòng nghe theo lời Hồ Tôn Hiến về thuyết phục Từ Hải ra hàng:
Trên vì nước dưới vì nhà,
Một là đắc hiếu hai là đắc trung.
Sau đó, Hồ Tôn Hiến đã thừa cơ bao vây, nhìn thấy Từ Hải, Thúy Kiều định lao tới để tự vẫn nhưng chàng bị mắc mưu và đã "chết đứng giữa đàng". Thúy Kiều cảm thấy hối tiếc và dằn vặt bản thân:
Mặt nào trông thấy nhau đây?
Thà liều sống thác một ngày với nhau!
Hồ Tôn Hiến đang đà thắng đã ép Kiều phải "thị yến dưới màn", Thúy Kiều đã khóc thương và xin được mang Từ Hải đi chôn cất. Hồ Tôn Hiến đã chấp nhận cho "cảo táng di hình bên sông". Biết nàng giỏi đàn, Hồ Tôn Hiến bắt nàng phải chơi đàn, Kiều đã thể hiện nỗi lòng mình qua tiếng đàn:
Một cung gió thảm mưa sầu,
Bốn dây nhỏ máu năm đầu ngón tay!
Ve ngâm vượn hót nào tày,
Lọt tai Hồ cũng nhăn mày rơi châu.
Sáng hôm sau, để tránh lời đàm tiếu về mình, Hồ Tôn Hiến đã gán ngay Kiều cho người Thổ quan. Trên con thuyền, Kiều nhớ tới lời của Đạm Tiên xưa đã nói với mình trong mộng "Sông Tiền đường sẽ hẹn hò về sau", nàng đã quyết định nhảy xuống sông tự vẫn.
Kim Trọng đi tìm Kiều
Về phần Kim Trọng, sau khi hộ tang chú xong, quay trở lại thì biết tin gia đình Kiều gặp nạn, Kiều đã bán mình chuộc cha. Kim Trọng đau xót:
Vật mình, vẫy gió, tuôn mưa
Dầm dề giọt ngọc, thẫn thờ hồn mai
Đau đòi đoạn, ngất đòi thôi
Tỉnh ra lại khóc, khóc rồi lại mê
Mọi người trong nhà khuyên can hết lẽ, chàng nghe theo lời dặn của Kiều và đón cha mẹ Kiều cùng Thúy Vân sang nhà chăm lo phụng dưỡng, đồng thời vẫn đưa tin tìm kiếm nàng khắp nơi. Tuy "âu duyên mới" nhưng chàng lại "càng dào tình xưa". Vương Quan và Kim Trọng sau đó đều đỗ đạt và làm quan. Sau nhiều ngày tháng tìm kiếm thì hai người mới dò la được thông tin của Thúy Kiều là đã trầm mình dưới sông Tiền Đường. Ra đến sông, mọi người gặp sư Giác Duyên ở đó, được biết là Thúy Kiều đã được bà cứu mang về cưu mang. Sau đó, mọi người được dẫn về gặp lại nàng Kiều, "mừng mừng tủi tủi".
Tái hồi Kim Trọng
Sau 15 năm lưu lạc, Thúy Kiều đã trở về đoàn viên với gia đình. Nhưng nàng chính là người sợ việc đoàn viên hơn ai cả. Trong việc tái ngộ này, Thúy Vân chính là người đầu tiên đã lên tiếng vun vào cho chị. Nhưng trong đêm gặp lại ấy, Thúy Kiều đã tâm sự với Kim Trọng:
Thân tàn gạn đục khơi trong
Là nhờ quân tử khác lòng người ta
Nàng ghi nhận tấm lòng của Kim Trọng nhưng tự thấy mình không còn xứng đáng với chàng nữa. Hai người trở thành bạn "chẳng trong chăn gối, cũng ngoài cầm thơ". Nguyễn Du đã gửi gắm toàn bộ thế giới quan của mình về xã hội phong kiến lúc đó qua các câu thơ nhận xét về cuộc đời lưu lạc của Thúy Kiều:
Ngẫm hay muôn sự tại trời
Trời kia đã bắt làm người có thân.
Bắt phong trần phải phong trần
Cho thanh cao mới được phần thanh cao
